内蔵されているマルチエフェクターがDigi Techのものにグレードアップしています。
3つのノブが付く事によって、初代DIGI-ZOよりも直感的な操作が可能になりました。
また、リズムマシンも搭載されました。これにより一台で出来る事の幅がかなり広がったのではないでしょうか。
初代DIGI-ZOにはなかったWAH（オートWAHやオプションペダルはありましたが）も、HYPERではエクスプレッションノブの搭載によって使えるようになりました。
あと細かい部分としては、メッキパーツではなくブラックパーツが使われるようになったことなども挙げられます。

【関連リンク】
DIGI-ZO（ラインナップ）
プロの音をDIGI-ZO HYPERに（Digi Tech用のパッチを流用するTips）